Hace mucho tiempo había una antigua civilización en la tierra. A pesar de su tecnología avanzada, ella cayó, pero dejó numerosos artefactos en el mundo y un mensaje en hebreo, que pide destruir sus creaciones si no hubo un uso pacífico. Muchos años más tarde, una organización llamada Arcam encuentra un artefacto en lo profundo de las montañas Ararat, que sospecha que es el arca de Noé.
Pero incluso una organización estadounidense enemiga no deja nada para reclamar el artefacto. Ahora los agentes especiales de Arcams, llamados «Spriggan», deben asegurarse de que el Arca no se ponga en manos del coronel MacDougall, el líder de sus enemigos. La yuu Ominae japonesa y el francés Jean-Jacques Monde se unen. Juntos, los agentes de Spriggan intentan detener a sus oponentes y preservar la humanidad de la destrucción.
