La historia tiene lugar después de que el 90 por ciento de la humanidad desapareciera debido a una invasión. Los sobrevivientes viven en un refugio donde se monitorea su vida y se borran los recuerdos de la invasión.
Tres adolescentes del refugio son elegidos para pilotar tres máquinas que se combinan para formar el robot Musashi, hecho de un material llamado aleación Megatronium. La serie equilibrará la acción de los robots con la vida escolar.
