La Quinta Guerra del Santo Grial continúa, y el caos resultante resulta en mayores riesgos para todos los participantes. Shirou Emiya continúa participando en la guerra, aspirando a ser un héroe de la justicia que salva a todos. Se pone en marcha en busca de la verdad detrás de una misteriosa sombra oscura y su ola de asesinatos, decidido a derrotarla.
Mientras tanto, Shinji Matou pone en marcha sus propios planes, amenazando a Shirou a través de su hermana Sakura Matou. Shirou y Rin Toosaka luchan contra Shinji, con la esperanza de aliviar a Sakura de los abusos de su hermano. Pero la fea verdad de los hermanos Matou comienza a aflorar y muchos secretos oscuros quedan al descubierto.
La película Fate / stay night: Heaven’s Feel – II. Lost Butterfly continúa enfocándose en los Maestros y Sirvientes restantes mientras luchan entre sí con la esperanza de obtener el Santo Grial. Sin embargo, a medida que surge la oscuridad dentro de la ciudad de Fuyuki, incluso el estado de su guerra sagrada podría estar en peligro.
