En Blue Archive, el jugador asume el papel de un profesor, llamado a viajar a la ciudad académica de Kivotos, creada por la unión de miles de academias, por el presidente del consejo general de estudiantes.
Pero el presidente desaparece de repente, lo que provoca un rápido aumento de la delincuencia en la ciudad. En respuesta, los demás miembros del consejo piden al jugador que les ayude a encontrar al presidente y a poner fin a los diversos conflictos.
