La aventura comienza en un tranquilo pueblo de Kyushu, en el suroeste de Japón. Allí Suzume conoce a un joven que le dice:
Estoy buscando una puerta.
Lo que Suzume encuentra en unas ruinas es una única puerta, ya muy desgastada, pero aparentemente protegida de cualquier catástrofe. Atraída por el poder de la puerta, Suzume toca el picaporte…
En ese momento, una secuencia de puertas comienzan a abrirse por todo Japón, destruyendo todo lo que se encuentre cerca. Suzume debe cerrar estos portales para evitar aún más desastres.
