Shy ha crecido un poco después de luchar contra el ‘Amalareik‘, liderado por el misterioso chico Stigma. Al regresar a Japón, conoce a una chica llamada Ai Tennouji que ha huido de su aldea ninja. Ai le cuenta a Shy que dejó la aldea para perseguir a un miembro del ‘Amalareik‘.
Mientras tanto, ocurre un incidente en el que Tokio es repentinamente envuelto en una bola negra y desaparece. Los héroes son enviados para rescatar a Tokio.
